舞台は、今よりも遥か遠い未来。人類は環境破壊により滅び行く地球を再生させるため、植民惑星へ移住した。
コンピュータ管理により整然と生きる人類。その一方で疎まれる、特殊な能力を持つ「ミュウ」という存在。
彼らは過酷な弾圧の中で政府の目から逃がれ、息を潜めながらも自分たちの存在意義を考え、そして地球への帰還を夢みていた―。
ミュウのリーダー、ソルジャー・ブルーは、アタラクシアに住む少年ジョミーを自分の後継者として選び、夢を託す。

故郷・地球へ還る―――　
その強い想いから、彼らの地球を目指す戦いが始まる。

地球へ…